Il toponimo Arlisica, compare per la prima volta nel 1033, quando Astolfo Vescovo di Vicenza, che confermando al monastero vicentino dei Ss. Felice e Fortunato i beni che possedeva entro i confini della diocesi di Padova, nomina anche quelli esistenti in – Arlisica -.
Il toponimo si crede derivi da – arx laesa -, dove arx significa la parte fortificata o più alta del luogo, castello; - laesa – che significa zona danneggiata, rotta, rovinata.
Infatti nel territorio di Arlesega fu costruito un castello (sec. XI-XII) a cura del libero comune di Padova a presidio e a difesa di quella territorio, che fu tante volte distrutto, incendiato, e ricostruito.
In quel castello - scrive il Cittadella - si custodiva il Carroccio Padovano parato e “adornato di finissimi panni et col stendardo della insegna – del comune di Padova posto tra gli stendardi dei quattro santi Protettori – della città - tirato da quattro para di bovi, ornati i rosso, et argento et attorniato a periti soldati, et otto trombette … accompagnato da un sacerdote, che quotidianamente lì diceva messa d’ordine della Repubblica Padoana”.
Il castello di Arlesega non fu solo spettatore di tragiche vicende militari durante le guerre contro Vicenza, Ezzelino III da Romano, Cangrande della Scala, i Milanesi e i Veneziani, ma fu anche testimone dello spettacolare incedere del corteo imperiale di Federico II di Svevia, quando il 25 gennaio 1239, ad Arlesega, Ezzelino III da Romano, accoglie proveniente da Vicenza, la splendida processione, dove il grande sovrano, procedeva con “molti Cremonesi ossia ambasciatori di quel comune e altri cavalieri cremonesi a onore dell’imperatore, Tedeschi, Pugliesi, Saraceni, alcuni barbari e anche alcuni Greci. Gli corsero incontro Ezzelino e i Padovani, mossero per cinque miglia fino ad Arlesega, mentre cavalieri e fanti esultavano di gran letizia con cembali e cetre e strumenti di vari genere, con il Carroccio ornato di molte ricchezze e decorazioni. Vi furono anche molte donne di straordinaria bellezza, splendide e rifulgenti di vesti preziose sopra adorni palafreni”.
Il 7 ottobre del 1405, Zuane della Croce lo vende per denari ai veneziani, così non sarà distrutto. Iniziò però il suo lento declino. Il governo Veneto, pur mantenendo per qualche tempo, un presidio militare e sede di un posto di guardia, verso la fine del Cinquecento fu ceduto ai Contarini, i quali lo inserirono tra le fabbriche della villa e dell’ampio giardino, poi lo trasformarono in case di abitazione.
